知识梳理||DNA指纹图谱
DNA指纹图谱最早在1985年由英国莱斯特大学的遗传学家Jefferys提出，Jefferys及其合作者首次将分离的人源小卫星DNA用作基因探针，同人体核DNA的酶切片段杂交，获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹，这种图纹极少有两个人完全相同，故称为“DNA指纹”，意思是它同人的指纹一样是每个人所特有的。众多“DNA指纹”组成“DNA 指纹图谱”。
多种分子标记都可被用于DNA图谱构建，其中SNPs标记由于在基因组上分布广、稳定和遗传力高等特点，现阶段被广泛用于构建DNA指纹图谱。DNA指纹图谱对于品种特异性和真实性鉴别、种子纯度鉴定具有重要意义。本期小编给大家带来DNA指纹图谱的构建思路。
HVBO GENE
测序策略
技术路线
1、样本搜集
选择有参考基因组的样本进行收集。
2、实验流程
将样本提取DNA，打断成350bp小片段构建文库，文库质检合格后上机测序。
3、技术原理路线
HVBO GENE
结果展示
1、SNP位点筛选
与参考基因组进行比对后，获得初始SNPs。针对初始SNPs，首先根据测序深度、比对质量值、基因型质量值、位点缺失率、最小等位基因频率、杂合率等进行过滤，获得高质量的群体共有SNPs。
然后，根据LD连锁强度 (r2)过滤掉连锁紧密的SNPs，最终获得高质量的独立SNPs。
2、SNP位点评估
为了评估建立的指纹标准能否有效检测群体的遗传多样性，针对样品种质资源，分别利用高质量的群体共有SNPs、指纹标准SNPs进行系统进化分析和PCA主成分聚类分析；
为了验证建立的指纹标准的检测效果，进行群体遗传相似度分析。
SNP位点评估示例[1,2]
3、构建DNA指纹图谱
基于前期SNPs位点过滤、筛选可以构建指纹图谱的SNPs标记，并进行系统发育树、主成分分析和遗传相似性等评估，获得的最终的SNPs标记进行区分不同的材料，构建DNA指纹图谱。
DNA指纹图谱示例1
DNA指纹图谱示例2[3]
结语
如同人类的指纹作为身份标识一样，植物的DNA指纹图谱为其贴上了“分子身份证”，构建植物品种DNA指纹图谱，对于品种鉴定与知识产权的保护、品种纯度和真实性检测、品种亲缘关系和分类研究中具有重要意义。
华博基因提供包括基因编辑和分子标记辅助育种、基因组测序、基因定位克隆、蛋白互作、代谢组分析，基因组数据挖掘等技术服务，以及土壤、水分和种子等检测服务。
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