外泌体是由活细胞分泌的，具有磷脂双分子层结构的纳米级囊泡，直径约在30-150nm，它可以通过携带各种生物活性物质（蛋白质、脂质、核酸等）传递给受体细胞，从而改变受体细胞的生理功能或病理功能，因此，对外泌体中蛋白和核酸进行检测，将有助于疾病的早期诊断、治疗评价和预后分析。
目前来看，研究人员似乎对外泌体的RNA（miRNA，lncRNA，circRNA）和蛋白质有严重的偏好，发表了大量的相关文章，其数据也被多个外泌体数据库收录，但外泌体中的DNA却很少有人研究，那么问题来了，外泌体中到底有没有DNA呢？
“ 外泌体中不含DNA ”
2019年4月，美国范德堡大学医学中心的Robert J. Coffey课题组在CELL杂志（IF=36.216）发表了一篇文章“Reassessment of Exosome Composition”，作者对外泌体中的内容物做了重新评估，其中一个结论就是，小细胞外囊泡（sEVs）中不含有DNA。
因为有文章报道dsDNA以dsDNA结合组蛋白的方式存在于肿瘤外泌体或者小囊泡中，但是，作者前期的蛋白组学结果证明了dsDNA相关的组蛋白存在于非囊泡性物质（NV）组分中，而不是在sEV中，这与之前的报道不符，所以作者进行了外泌体是否含有DNA的证明。
作者采用密度梯度离心将小细胞外囊泡（sEVs）与非囊泡性物质（NV）分离。从纯化的sEV和NV中提取DNA进行检测，可以明显的看出dsDNA在NV馏分中富集，而sEV中无DNA富集（图B）。
为了确定细胞外dsDNA是否被保护，作者使用DNase I对样品进行预处理，然后进行密度梯度分馏（获得sEV和NV），再经DNA提取检测。结果与之前一样，sEV馏分中未检测到dsDNA，NV馏分中存在的dsDNA极易被DNase I消化（图C和B）。
DNA的完整性分析图（图D）可以看出，DNA只存在于非囊泡组分中，sEV中不含DNA（DNA在1000 - 10000 bp之间，峰值在6000 bp左右）。
所以可得出结论，DNA不存在于外泌体或小囊泡中。
“ 外泌体中含有DNA ”
2019年12月，来自美国MD安德森癌症中心的研究人员在Science Advances（IF=12.804）杂志发表的文章却给了我们另一个答案，外泌体内存在基因组DNA（gDNA）和核蛋白，并且揭示了外泌体DNA的形成机制，及诊断卵巢癌的潜力。
作者发现，外泌体含有基因组DNA和核蛋白，而且，基因组DNA（gDNA）主要在源自肿瘤细胞而不是健康细胞的外泌体。但是，gDNA主要位于于细胞核，外泌体的生成通常不会与细胞核的物质有联系。因此，作者怀疑外泌体中的DNA可能来自微核（micronuclei，MN）。
MN是被核膜包围的细胞质结构，它是一种染色体错误分离的结果。MN的膜是不稳定的，在MN分解时，其内容物将暴露在细胞质中，这其中包括了gDNA。因此，作者猜想，MN分解后释放的gDNA将进入外泌体。
卵巢癌细胞共聚焦成像显示，一些MN没有被核膜包裹，表明MN已经分解（图A和B)。有趣的是，作者观察到，作为MVBs标记物的四跨膜蛋白（CD9）会包围分解的MN 。
为了阐明这个机制，作者假设分解的MN与外泌体生物合成的机制相互作用。
透射电镜可以观察到分解的MN（图C，箭头），这与之前的实验一致，卵巢癌细胞中含有分解的MN。外泌体最初由早期内体的腔内囊泡形成，之后储存在MVB中，MVB再与质膜融合将外泌体释放到细胞外，透射电镜显示MVB位于MN和早期内体附近，可以直接与分解的MN相互作用（图D和E）。此外，共焦分析表明，完整的和分解的MN都可以与早期内体标记物EEA1共同作用（图F和D）。这些结果表明，gDNA可能以依赖外泌体的方式分泌，在这种方式中，分解的MN可以与早期的核内体相互作用。
进一步探索MN内容物加载到囊泡的分子机制，作者把注意力集中在了四跨膜蛋白，如CD63，因为它们参与了外泌体内容物装载。
为了确定四跨膜蛋白是否将MN的内容物加载到早期内体，最终进入外泌体。作者敲低了卵巢癌细胞株的CD63蛋白，在证实CD63蛋白敲低（图G）后，作者用流式细胞术检测了Exos数量的变化。CD63敲低的细胞比对照细胞分泌更少的Exos（图H），这表明CD63可能在Exos装载核物质方面起着重要作用。
为了进一步探讨CD63在Exo加载中的作用，作者进行了免疫沉淀(IP)实验。实验结果显示，从卵巢癌细胞裂解液中提取的CD63与DNA和组蛋白H2B有关（图I和J）。因此，CD63与gDNA和核蛋白以复合物的形式存在，并可能对外泌体的DNA加载起重要作用。
所以，得出结论，外泌体中可以含有DNA。
