SSR（简单重复序列）也称微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1~6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，如：(CA)n和(TG)n，每个微卫星的核心序列结构相同，重复单位数目10~60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。SSR标记的基本原理：由于微卫星两端的序列一般是保守的，因此可以通过微卫星的侧翼序列设计引物，通过PCR扩增出长度不同的PCR片段，将PCR产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。

SSR具有以下一些优点：（1）一般检测到的是一个单一的多等位基因位点;⑵微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子;⑶所需DNA量少。显然，在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序。